Meines Wissens nach erfolgt die Ansteuerung der Lüfter (zumindest das auslösende Signal) vom Bugsteuergerät (als PWM Signal).
Das Steuergerät für die Lüfter (welches Du vermutlich getauscht hast) ist nur die Leistungsstufe.
Aber auch das Motorsteuergerät kann dem Bugsteuergerät sagen "Lüfter An".
Viel Erfolg!